Το σύστημα φιλτραρίσματος είναι ένα από τα πιο σημαντικά συστατικά μιας δεξαμενής. Είναι ο κύριος τρόπος καθαρισμού του νερού καθώς απομακρύνει τις ακαθαρσίες και καθιστά το νερό κατάλληλο για κολύμπι.
Υπάρχουν διάφοροι τύποι φίλτρων: φίλτρα άμμου ή γυαλιού (τα πιο δημοφιλή καθώς απαιτούν λίγη συντήρηση), φίλτρα φυσιγγίων (αντικαταστάσιμα, με πολύ χαμηλή κατανάλωση νερού) και φίλτρα γης διατόμων (με σύστημα φιλτραρίσματος υψηλής απόδοσης, (αφαιρεί ακόμη και βρωμιές που δεν είναι ορατές στο γυμνό μάτι).
